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身份认证管理功能：电子商业汇票系统应具备识别接入点银行身份的功能，以确保银行业金融机构（以下简称商业银行）行内系统与电子商业汇票系统之间各类业务活动的不可否认性、数据完整性及传输保密性，以接入点银行准入、退出管理规则为依据，以接入点数字证书的新增、变更、废止为手段，包括依据规定受理接入点银行申请，进行接入点信息维护等具体事项。
数据信息交换功能：通过电子商业汇票系统与商业银行行内系统及其它相关系统的连接，以电子商业汇票系统作为数据信息接收验证、登记存储、发送或转发“中介”，实现电子商业汇票业务、纸质商业汇票登记查询业务和商业汇票公开报价业务的数据信息在不同商业银行之间的“互联互通”，实现电子商业汇票资金清算数据在本系统与支付系统之间传递。
商业汇票的承兑：企业签付商业汇票，不论是商业承兑汇票还是银行承兑汇票，其到期价值即为票面价值。按照重要性原则，应付票据应按业务发生时的金额即票面价值（亦即到期价值）作为入账价值。企业取得结算凭证并签付商业汇票后，应按票面价值借记“原材料”、“应交税费”等科目，贷记“应付票据”科目。企业向银行申请承兑支付的手续费，应计入财务费用。
商业汇票是出票人签发的，委托付款人在指定日期无条件支付确定的金额给收款人或票据的持票人。办理商业汇票必须注意下列事项：
（1）办理商业汇票必须以真实的交易关系和债权债务关系为基础，出票人不得签发无对价的商业汇票用以骗取银行或其他票据当事人的资金。
（2）商业汇票的出票人，应为在银行开立存款账户的法人以及其他组织，与付款人（即承兑人）具有真实的委托付款关系，并具有支付汇票金额的可靠资金来源。
（3）签发商业汇票必须依《支付结算办法》第78条规定，详细记载必须记载事项。